Al comienzo de su servicio lo iban a devolver a sus antiguas funciones y tuvo un breve encontrón con el presidente. Su jefe directo, el general Oreste Salinas, secretario general de Carabineros, le sugirió que hablara con Allende. Pidió una entrevista con el mandatario. Este lo recibió y le reprendió que los carabineros estuvieran usando armas cortas. Muñoz le explico que el cambio había que hacerlo gradualmente y le resumió todas las modificaciones que estaba incorporando. Allende, cambiando el rostro, le dijo que no sabía, que estaba mal informado y que retiraba la decisión de removerlo Era la primera vez que hablaban a solas. Muñoz aprovechó de decirle que los miristas y socialistas le ocultaban los trayectos y los destinos de la comitiva presidencial y que eso no podía ser pues él era el jefe de la escolta. Allende replicó que las cosas cambiarían desde ese mismo instante. “Usted es el jefe de la seguridad presidencial y puede hablar conmigo cuando lo requiera”, le expresó el gobernante.
Desde ese momento, la comitiva la precedió un automóvil de Carabineros varios minutos antes; luego iban los motociclistas, otros dos vehículos de Carabineros y dos de Investigaciones; cerraban el cortejo los GAP a bordo de sus FIAT 125 de color azul oscuro, recomendados por Pepe Ortigoza, el corredor de autos amigo de Allende.
En junio de 1973, luego del intento de levantamiento de algunos oficiales del regimiento Los Libertadores, que rodearon con tanques La Moneda, pero que fue controlado rápidamente por el general Carlos Prats, la Sección de Seguridad